Samkvæmt skipulagsskrá skal stjórn sjóðsins skipuð þremur mönnum. Skal rektor Háskóla Íslands tilnefna einn þeirra en háskólaráð skal kjósa tvo án tilnefningar. Sömu aðilar skulu tilnefna varamenn í sjóðsstjórnina. Kjörtímabil stjórnar er þrjú ár og skulu stjórnarmenn skipta með sér verkum.
Fulltrúar í stjórn Eggertssjóðs 2017-2020:
- Bryndís Brandsdóttir, vísindamaður
- Snæbjörn Pálsson, prófessor
- Steinunn Thorlacius, líffræðingur PhD, verkefnisstjóri hjá Blóðbanka, Landspítala
Varamenn eru:
- Árný E. Sveinbjörnsdóttir, vísindamaður
- Guðmundur H. Guðmundsson, prófessor
- Bjarni Þorbergsson, stjórnmálafræðingur