Í skipulagsskrá sjóðsins segir: Stjórn sjóðsins skipa rektor Háskóla Íslands, sem skal vera formaður stjórnarinnar, forseti Verkfræðideildar Háskóla Íslands og Geir G. Zoëga, vegamálastjóri, meðan hans nýtur við, en síðan formaður Verkfræðingafélags Íslands.
Samkvæmt breyttu skipulagi Háskóla Íslands frá júlí 2008 er verkfræðideild ekki til. Verkfræðideild hefur verið skipt í þrjár deildir, Iðnaðarverkfræði-, vélaverkfræði og tölvunarfræðideild, Rafmagns – og tölvuverkfræðideild og Umhverfis- og byggingarverkfræðideild, sem allar heyra undir Verkfræði- og náttaúruvísindasvið.
Sem stendur er engin starfandi stjórn fyrir sjóðinn.