Ársskýrslur með upplýsingum um reikningsskil og uppgjör Styrktarsjóða Háskóla Íslands eru gefnar út árlega. Þar er að finna lista yfir alla sjóði sem heyra undir Styrktarsjóðina, efnahags- og rekstrarreikning ásamt yfirliti yfir úthlutaða styrki á hverju ári. Ársskýrslur Styrktarsjóðanna eru birtar í Árbók Háskóla Íslands.
Fjármál og bókhald Styrktarsjóðanna er aðskilið frá rekstri Háskóla Íslands. Endurskoðunarfyrirtækið PWC hefur umsjón með reikningsskilum og ársreikningum sjóðanna.
Ársreikningur 2009 (pdf).
Ársreikningur 2010 (pdf).
Ársreikningur 2011 (pdf).
Ársreikningur 2012 (pdf).
Ársreikningur 2013 (pdf).
Ársreikningur 2014 (pdf).
Ársreikningur 2015 (pdf).