Markmið Styrktarsjóða Háskólan Íslands er að ávaxta fjármuni styrktarsjóðanna á hagkvæman hátt og tryggja þeim bestu ávöxtun. Fjárfestingastefna safnsins tekur mið af eðli sjóðanna sem langtímafjárfestis með mjög hóflegum útgreiðslum.
Fjárfestingarstefna Styrktarsjóða Háskóla Íslands var fyrst sett af stjórn sjóðanna í október 2002. Breytingar voru gerðar á henni 25. janúar 2005, leiðréttingar í apríl 2006. Í janúar 2008 voru breytingar gerðar á binditíma skuldabréfa og bætt við ákvæði um gengisvarnir. Í lok árs 2009 var fjárfestingastefnan endurmetin í samræmi við stöðu á fjármálamörkuðum eftir bankahrun. Breytingarnar áttu sér stað í janúar 2010.