Styrktarsjóðir Háskóla Íslands vista sjálfstæða sjóði sem hafa verið ánafnaðir Háskóla Íslands.
Sjóðir sem starfa samkvæmt staðfestri skipulagsskrá lúta löggiltri endurskoðun og skoðun ríkisendurskoðanda. Fjármál og reikningshald sjóðanna skal vera sjálfstætt og aðskilið annarri starfsemi HÍ, skv. lögum. Bókhaldi sjóðanna er því komið fyrir utan Háskóla Íslands og er nú unnið af PricewaterhouseCoopers.
Ávöxtun fjár styrktarsjóðanna er mikilvæg og grundvöllur vaxtar þeirra. Fjárvörslu sjóðanna hefur komið fyrir hjá Íslandsbanka, þar sem starfa sérfræðingar í alþjóðlegu samstarfi við fjármála- og verðbréfaviðskipti.
Í vörslu Styrktarsjóða Háskólans eru einungis sjóðir sem hafa það hlutverk að styðja við og efla starfsemi Háskóla Íslands, starfsmenn hans eða stúdenta.